Το Σπήλαιο του Αγίου Ιωάννου είναι από τα μεγαλύτερα των Κυκλάδων. Διαθέτει πλουσιότατο και εντυπωσιακό σταλακτιτικό στολισμό που συμπεριλαμβάνει και το ονομαζόμενο «σπηλαιόγαλα», που είναι μια σπάνια σταλαγμιτική ύλη σε υδαρή κατάσταση. Το σπήλαιο βρίσκεται σε περίβλεπτη θέση με θέα προς τη θάλασσα και απέχει από αυτή(όρμο Βουρκαριά) μισή ώρα με τα πόδια.   

Η είσοδος του σπηλαίου είναι μικρή και στην αρχή μπαίνει κανείς σκυφτός. Απέναντι από την είσοδο του σπηλαίου είναι μια μεγάλη σπηλιά, που λέγεται ότι ήταν η κατοικία του γίγαντα Πολύφημου.